Santé des agents : le gouvernement choisit le contrôle plutôt que la protection

Publié le 5 juin 2026

Vous trouverez, ci-joint, la déclaration liminaire ainsi que le compte rendu du groupe de travail (GT) DGAFP du 3 Juin 2026 « Congés maladie et santé des agents publics », accompagné du document support de la DGAFP. Les orientations présentées confirment un changement préoccupant : la maladie est désormais abordée principalement sous l’angle du contrôle et de la réduction des dépenses, plutôt que sous celui de la protection de la santé des agents.

L’entrée en vigueur annoncée du futur décret est prévue pour la partie mi-temps thérapeutique dès le 1er août, et le 1er septembre pour les autres dispositions.

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Déclaration liminaire CFDT :

Mesdames, Messieurs,

La CFDT tient à dire clairement combien ce nouvel énième groupe de travail sur la “santé des agents publics” est choquant. Une fois encore, on nous présente un GT qui repose sur une logique de « soupçonner, contrôler et punir », plutôt que « prévenir, accompagner et protéger ». Deux réformes se percutent de plein fouet et mettent les salariés sous pression : moins d’arrêts courts et un accès au temps partiel thérapeutique (TPT) verrouillé.

Le gouvernement affirme vouloir réduire l’absence au travail, au nom d’une prétendue équité avec le privé et d’adaptations imposées par le PLFSS 2026. Nous remarquons que le gouvernement est bien pressé d’aligner les fonctionnaires sur le droit commun uniquement lorsqu’il s’agit de restreindre des droits, jamais lorsqu’il s’agit d’améliorer la prévention des risques ou une protection sociale complémentaire effective aux 3 versants de la fonction publique.

Tout cela relève d’une logique purement comptable : réduire et contrôler la durée des arrêts parce qu’ils coûtent trop cher ! D’ailleurs, le ministre du travail l’a encore montré le 22 mai en évoquant les projections économiques et la maitrise des arrêts de travail dans une conférence qui parle du travail de l’emploi et des retraites. Or, aucune étude n’étaye le fait que la hausse du nombre des arrêts maladie s’explique par les abus. Non, la recherche explique cette hausse par des causes structurelles, par la dégradation des conditions de travail depuis 10 ans en France, l’impact de la réforme des retraites ou encore la santé mentale notamment des jeunes. L’idée que la multiplication des arrêts courts est responsable du coût des arrêts est démenti par les chiffres.

La CFDT n’est pas opposée à la lutte contre les arrêts abusifs. Elle l’a toujours dit. Mais elle refuse une politique qui transforme chaque arrêt maladie en suspicion, alors qu’un arrêt repose sur une altération réelle de l’état de santé, une évaluation médicale individuelle et une prescription indépendante. Un arrêt de travail n’est ni une faute, ni un choix de convenance.

Ce que nous observons, c’est une réduction du droit à être malade, une stigmatisation des plus vulnérables et une punition collective qui ne s’attaque jamais aux causes réelles des arrêts maladie.

Ce que nous observons ce sont des arrêts courts qui seraient limités à 1 ou 2 mois renouvelables créant incertitude et complexifiant à la fois la planification des remplacements, la gestion administrative RH et aussi l’articulation avec les contrats de prévoyance souvent calibrés pour des arrêts longs ou stabilisés.

Aujourd’hui, un agent en congé maladie ordinaire subit déjà un jour de carence, une perte de 10 % de rémunération, une prime de service impactée, et demain, on voudrait encore généraliser des mécanismes de contrôle supplémentaires notamment la mise en place d’un « bouton d’alerte » que les employeurs pourront actionner pour signaler une situation d’arrêt de travail. En quoi un employeur peut-il se substituer à un diagnostic médical ?

En parallèle, le gouvernement souhaite durcir le recours au temps partiel thérapeutique. C’est un choix politique lourd et profondément incohérent. Le TPT est central et l’un des rares outils réellement efficaces pour maintenir les agents en emploi.

Il permet à un agent en congé maladie ordinaire de reprendre progressivement son activité, ou à un agent fragilisé de continuer à travailler en adaptant sa charge de travail à son état de santé, évitant ainsi un arrêt complet. Malgré cela, il est question d’instaurer un contrôle administratif, voire médical, systématique. Une telle mesure méconnaît totalement la réalité du terrain : le manque de médecins agréés est déjà criant, et les délais pour obtenir un rend-vous sont bien trop longs pour garantir des renouvellements dans des conditions acceptables. Nous en avons eu la démonstration pas plus tard qu’hier : l’agent se rend chez le médecin agréé désigné par son administration alors qu’il est très affaibli par un cancer… le médecin le renvoie et refuse de le recevoir au motif de considérations administratives internes (Chorus, délais de paiement).

Résultat : L’agent, déjà vulnérable, se retrouve dans une zone grise administrative, sans avis médical agréé, sans validation de sa situation, et avec une charge mentale supplémentaire alors qu’il devrait être protégé. La situation vécue par cet agent n’est pas isolée et met en lumière une rupture grave de la chaîne de protection dans le dispositif de consultation auprès des médecins agréés. Donc toute procédure qui vise à augmenter la nécessité de rencontrer le médecin agréé ne fait qu’augmenter le problème !

De plus, nous faisons le constat que l’introduction d’un délai de 30 jours dissuasif existe toujours sans arrêt préalable et après un Congé de Maladie Ordinaire (CMO). Or, la réglementation prévoit une acceptation automatique du TPT à la date de réception de la demande par l’autorité compétente.

La CFDT souhaite le maintien de ce droit : Le restreindre, c’est fragiliser les agents les plus vulnérables avec des mesures injustes, incohérentes et discriminantes.

Elles toucheront d’abord les femmes, premières utilisatrices du TPT, premières concernées par les pathologies chroniques, l’épuisement professionnel et les troubles invisibles.

Revenir sur ce droit est en totale contradiction avec les engagements du Plan Santé au Travail (PST) censé mettre en avant la santé des femmes, l’usure professionnelle et la santé mentale ainsi de l’accord égalité professionnelle qui prévoit d’intégrer les enjeux spécifiques des pathologies des femmes dans les politiques RH et dans l’organisation du travail.

Alors une question simple s’impose : quel accompagnement concret prévoyez-vous, dans les axes du PST et dans l’accord égalité professionnelle sur la santé des femmes, pour réellement prévenir les atteintes à la santé au travail, adapter les postes, éviter les arrêts et maintenir les agents en emploi — alors qu’un tiers d’entre eux a plus de 50 ans dans la FP ? Durcir l’accès au TPT ne peut en aucun cas constituer une réponse, vous en conviendrez !

La vraie question est prospective, pas répressive :
Quand allons-nous prendre en compte les réalités des pathologies chroniques invalidantes qui explosent, refuser le travail qui use ou qui blesse, et de faire du travail un véritable objet de dialogue social. La CFDT s’oppose fermement à ces dérives et continuera à défendre une fonction publique qui protège, qui accompagne et qui respecte la santé de ses agents.

Paris, le 3 Juin 2026

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Le compte rendu CFDT :

La réunion est présidée par Philippe Charpentier de la direction générale de l’administration et de la fonction publique (DGAFP).

Organisations syndicales présentes : CGT, FO, CFDT, FSU, CFE-CGC, FA-FP, Solidaires.

Représentants des ministères et des pouvoirs publics : ministères de l’éducation nationale, transition écologique, CSFPT, DGAC, DGCL et DGAFP.

Dans sa déclaration liminaire (cf. ci-dessus et en document joint), la CFDT a dénoncé la politique consistant à soupçonner, contrôler et punir les agents. Elle a critiqué la conception purement comptable qui conduit par ailleurs à repousser la mise en œuvre de la protection sociale complémentaire à l’hospitalière. La CFDT a observé qu’après le jour de carence et la baisse de 10 % des rémunérations en cas de maladie, les agents, et en particulier les femmes, se voient imposer une augmentation des contrôles, des sanctions, une réduction de la durée des prescriptions d’arrêt pour maladie. Le temps partiel thérapeutique, qui était conçu comme un outil de maintien dans l’emploi, est verrouillé.

Toutes les fédérations syndicales ont très vivement critiqué le projet gouvernemental. La CGT a quitté la séance après sa déclaration liminaire. FO puis Solidaires ont fait de même quelques temps après.

La présentation orale des projets pour la fonction publique

Mesures de convergence et d’harmonisation avec le régime général

À la suite de l’annonce gouvernementale du 9 avril visant à « réduire l’absence au travail », plusieurs adaptations sont prévues dans le cadre du projet de loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026.

• Le formulaire d’arrêt de travail ;

Les médecins auront obligation d’utiliser le formulaire CERFA. (lutte contre la fraude)

• La durée des prescriptions médicales d’arrêt ;

La durée d’un arrêt initial sera limitée à un mois, et chaque renouvellement à deux mois. Les médecins pourront toutefois déroger à ces limites. Le positionnement de l’agent sera désormais strictement aligné sur la prescription médicale : CMO, CLM ou CLD, le régime appliqué suivra automatiquement la nature de l’arrêt prescrit (dans la limite de 6 mois pour un congé de longue maladie – CLM). Les recommandations de la Haute Autorité de Santé (HAS) sur les maladies graves et longues. Devront être appliquées.

La CFDT alerte sur les difficultés supplémentaires que ces règles créeront pour les agents fragilisés, notamment ceux qui n’ont pas facilement accès à un médecin traitant. Elle estime que ces mesures alourdiront la gestion administrative et compliqueront les remplacements. Elle juge également inacceptable la limitation des prescriptions dans le cadre des congés de longue maladie (CLM) et de longue durée (CLD), et s’y oppose fermement.

• Articulation des nouvelles durées de prescription avec CLM et CLD ;

La réglementation des CLM et CLD n’est pas modifié. La demande de CLM demeure soumise au conseil médical. Par contre, la nouvelle consultation au moment du passage à demi-traitement est supprimée. Enfin, en cas d’avis identique du médecin agréé et du conseil médical, la saisine du conseil médical supérieur ne sera plus possible.

• Les prolongations d’arrêt ;

Les prolongations d’arrêt devront être effectuées par le médecin auteur de l’arrêt initial sauf s’il s’agit d’un spécialiste, d’un remplaçant, d’une hospitalisation ou quand c’est impossible (ex : SOS Médecins). La question des arrêts non prescrits par un médecin (infirmière) est à l’étude.

Évolution du recours au temps partie thérapeutique (TPT) :

• Ouverture du temps partiel thérapeutique ;

Un délai de 30 jours est instauré avant le début du TPT pour les agents souhaitant un maintien dans l’emploi sans arrêt préalable ou après un CMO. La CFDT a dénoncé l’incohérence de cette mesure, qui risque d’entraîner une multiplication des congés maladie ordinaires.

• Durée du TPT ;

Les durées prédéfinies de 3 mois sont supprimées, les médecins sont libres de la durée initiale.

• Refus de TPT ;

L’employeur pourra demander l’avis d’un médecin agréé dès réception d’une demande de TPT. Interpellée par la CFDT sur la situation des agents en attente d’une décision, la DGAFP a indiqué que ces refus touchaient seulement 10 % des demandes. Une réponse jugée ubuesque et discriminante, laissant les agents dans une zone grise administrative.

Nouvelles mesures en matière de santé et prévoyance (accord FPE)

• Subrogation pour les contractuels y compris en temps partiel thérapeutique ;

• Travail et formation pendant les congés maladie ;

Le travail est interdit, par contre la formation est autorisée.

• Indemnités outre-mer ;

Les indemnités et majoration outre-mer seront maintenues à 100 % la première année de maladie.

• Télécontrôle des arrêts de travail ;

La mise en œuvre demandera du temps. Les agents pourront demander un contrôle en présentiel.

• Visites de reprise et de pré reprise ;

Leurs modalités vont donner lieu à discussions avec les fédérations syndicales.

La CFDT a relevé que cette annonce sur la prévoyance ne concerne que l’Etat, laissant de côté 55 % des agents de la fonction publique. Elle a réitéré sa demande d’une protection sociale complémentaire pour tous.

Une mise en œuvre très rapide

Les mesures présentées seront soumises à un CCFP le 18 juin pour une mise en œuvre dès le 1er août pour le TPT et le 1er septembre pour les arrêts maladies.

Étaient présents pour la CFDT : Sonia TESTUD, Damien LEROUX, Elise O’CONNOR,

Paris, le 3 juin 2026