Congés de santé : des économies sur le dos des agents

Publié le 10 juillet 2026

Présenté à nouveau au Conseil commun de la fonction publique (CCFP) le 7 juillet, le texte recueille à nouveau un avis défavorable unanime des organisations syndicales et des employeurs territoriaux. À noter : les employeurs hospitaliers ont brillé par leur absence.

Introduction :

Ce projet de décret relatif aux congés pour raison de santé marque une évolution préoccupante des droits des agents.

Il transforme le temps partiel thérapeutique d’un droit immédiat fondé sur la prescription médicale, à un dispositif soumis à décision administrative préalable et à contrôles médicaux.

Il introduit une limitation de la durée des congés pour raison de santé des agents malades en instaurant une logique de suspicion, contrôle et sanction, là où prévalait jusqu’ici une attribution de droit et une approche principalement médicale et protectrice.

Le projet de décret vient modifier le décret 86-442 du 14 mars 1986 relatif à la désignation des médecins agréés, à l’organisation des conseils médicaux, aux conditions d’aptitude physique pour l’admission aux emplois publics et au régime de congés de maladie des fonctionnaires.

Temps partiel thérapeutique : un recul clair

Le projet de décret modifiera profondément l’équilibre qui fondait jusqu’à présent le temps partiel thérapeutique. Celui-ci était largement accordé sur prescription médicale, pour une durée initiale de trois mois, à compter de la réception de la demande par l’autorité compétente.

Avec ces nouvelles dispositions qui devraient entrer en vigueur au 01/08/2026, l’administration dispose désormais d’un délai pouvant aller jusqu’à 30 jours pour se prononcer sur une demande de temps partiel thérapeutique formulée par un agent en congé de maladie ordinaire ou par un agent en activité souhaitant réduire son temps de travail pour raison de santé.

Pour les agents placés en congé de longue maladie, en congé de longue durée, en congé pour invalidité temporaire imputable au service ou en disponibilité pour raison de santé, la décision pourra être rendue jusqu’au jour même de la reprise.

Certes, tout refus devra être motivé et précédé d’un entretien au cours duquel l’agent pourra être accompagné (Garantie obtenue par la CFDT). 

Le texte prévoit la possibilité de saisir un médecin agréé dès la demande initiale de TPT, et non plus seulement après trois mois. De plus, les voies de contestation sont limitées lorsque l’avis du médecin agréé est confirmé par le conseil médical.

Si le projet précise qu’aucun refus ne peut être fondé sur un motif médical, dans les faits, d’autres motifs, notamment liés à l’organisation du service ou aux nécessités de fonctionnement, pourraient être mobilisés plus facilement pour justifier un refus.

Pour la CFDT, ce projet transforme progressivement le temps partiel thérapeutique en outil de gestion administrative, au détriment de sa vocation première : permettre une reprise progressive et sécurisée de l’activité professionnelle. Ce basculement constitue un recul significatif pour les agents.

Congés de maladie : vers une logique de suspicion, de contrôle et de sanction

Pour la CFDT, sous prétexte d’un alignement sur le régime général au 01/9/2026, ce projet de décret modifie en profondeur l’équilibre statutaire des congés pour raison de santé dans la fonction publique. En limitant la durée des prescriptions médicales des congés pour raison de santé, en développant les contrôles administratifs au domicile de l’agent, il fragilise les droits des agents au moment même où ils sont confrontés à des problèmes de santé. Ainsi, l’absence injustifiée lors d’un contrôle domicile ou le refus de s’y soumettre pourront entraîner la suspension de la rémunération de l’agent.

La CFDT continuera de défendre une approche fondée sur la confiance, la protection des agents et la primauté de l’avis médical

Une préparation anticipée de la reprise

Le projet instaure une logique d’anticipation systématique de la reprise. Pour tout arrêt d’une durée supérieure à 30 jours, une coordination est prévue entre le médecin traitant, le médecin agréé et le médecin du travail afin d’organiser les conditions du retour à l’emploi y compris réaliser des actions de formation.

Si l’objectif de prévention de la désinsertion professionnelle peut être partagé, la CFDT sera particulièrement vigilante à ce que ces dispositifs ne deviennent pas un moyen de pression sur les agents en arrêt de travail ni un outil de remise en cause de l’indépendance de la décision médicale.

Seul point positif de ce texte : la fin d’une injustice avec l’intégration de la prime de vie chère à l’assiette de calcul de l’indemnisation des arrêts maladie pour les agents en outre-mer.

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Le compte-rendu du CCFP :

Ce Conseil Commun était présidé par Boris Melmoux-Eude, directeur général de l’administration et de la fonction publique. À la suite des votes unanimement défavorables prononcés vendredi 19 juin sur le projet de texte ci-dessous, le conseil s’est réuni de nouveau ce jour.

Projet de décret n°2026 -XXX du 07/07/2026 relatif aux congés pour raisons de santé dans la fonction publique

Chapitre 2 dispositions relatives aux fonctionnaires : les évolutions majeures

Le projet de décret vient modifier le décret 86-442 du 14 mars 1986 relatif à la désignation des médecins agréés, à l’organisation des conseils médicaux, aux conditions d’aptitude physique pour l’admission aux emplois publics et au régime de congés de maladie des fonctionnaires

Ce texte modifie profondément la nature du temps partiel thérapeutique (TPT). Il fait passer le TPT :

• d’un droit immédiat fondé sur la prescription médicale ;
• à un dispositif soumis à décision administrative préalable et à contrôles médicaux.

Le décret renforce aussi la conditionnalité des congés pour raison de santé, au risque de fragiliser les agents malades en instaurant une logique de suspicion, contrôle et de sanction, là où prévalait jusqu’ici une attribution de droit et une approche principalement médicale et protectrice.

Ce qui changera avec ce décret :

Article 7 du décret 86-442 du 14 mars 1986 modifié : saisine conseil médical

• Le conseil médical en formation restreinte n’est plus saisi lors du renouvellement d’un CLM/CLD après épuisement de la période rémunérée à plein traitement.

Article 17 du décret 86-442 du 14 mars 1986 modifié saisine conseil médical supérieur

• Plus de contestation possible devant le conseil médical supérieur si l’avis du conseil médical en formation restreinte suit les conclusions rendues par le médecin agréé.

Article 23-2 du décret 86-442 du 14 mars 1986 modifié : refus temps partiel thérapeutique

• Le refus opposé à une demande de service à temps partiel thérapeutique doit être précédé d’un entretien et motivé, l’agent peut être accompagné par une personne de son choix.

Article 23-3 du décret 86-442 du 14 mars 1986 modifié : délai de réponse

• Introduction d’un délai de réponse de l’administration à compter de la date de réception de la demande d’un temps partiel thérapeutique
  • au plus tard le jour de la reprise pour les agents en CLM, CLD, CITIS, disponibilité pour raison de santé. Il est de même en cas de renouvellements
  • 30 jours au plus tard pour un congé de maladie ordinaire et pour un agent en activité demandant de réduire son temps de travail pour raison de santé.

Article 23-4 du décret 86-442 du 14 mars 1986 modifié : examen par un médecin agrée

• Possibilité pour l’administration de faire procéder à l’examen par un médecin agréé de l’agent pour une demande d’un temps partiel thérapeutique. Toute non-présentation de l’agent à cet examen vaut décision de refus du TPT.

Article 23-5 du décret 86-442 du 14 mars 1986 modifié : motif médical

• Aucune décision de refus de demande initiale, renouvellement ou interruption du TPT de la part de l’administration, ne peut intervenir pour motif médical sans conclusions rendues préalablement par le médecin agrée.

Article 23-6 du décret 86-442 du 14 mars 1986 modifié : contestation

• Les conclusions du médecin agréé peuvent être contestées devant le conseil médical en formation restreinte par l’agent ou l’administration Dans le cas où l’agent est déjà en TPT, il le reste pendant l’examen du recours.

Article 25 du décret 86-442 du 14 mars 1986 modifié : arrêts maladies et contrôles administratifs

• Pour toute demande d’interruption de travail ou renouvellement, l’avis pourra être dématérialisé ;
• Possibilité d’effectuer les contrôles administratifs de l’arrêt de travail par toute personne habilitée à cet effet ;
• Possibilité d’effectuer les contrôles médicaux à distance ;
• Maintien de la rémunération conditionnée à :
  • prolongation des arrêts par le primo-prescripteur sauf exceptions ;
  • respect des obligations de présence à domicile (lorsque les sorties ne sont pas autorisées ou lors des heures de présence obligatoires)

Article 26 et 26-2 du décret 86-442 du 14 mars 1986 modifié : congés de maladies

• Interdiction de toute activité rémunérée pendant un congés pour raison de santé sous peine de suspension de sa rémunération ;

• Pour tout arrêt de travail dépassant 30 jours continus : le médecin agréé en liaison avec le médecin traitant peut solliciter le médecin du travail pour préparer et étudier les conditions et les modalités de la reprise du travail ou envisager des démarches de formation. L’agent est assisté durant cette phase par une personne de son choix.

Article 27-1 du décret 86-442 du 14 mars 1986 modifié : indemnité d’attente

• Création d’une indemnité d’attente (pour les agents de la FPE) pour un agent à expiration de sa dernière période de CMO en attente d’un CLM/CLD.

Article 36 du décret 86-442 du 14 mars 1986 modifié : CLM CLD

• Un CLM/CLD peut être accordée ou renouvelé par périodes définies à l’article L162-4-1 du Code de la sécurité sociale : plafond de 1 mois pour une première prescription et 2 mois pour un renouvellement avec une dérogation médicale possible jusqu’à 6 mois ;

• Contrôle administratif de l’arrêt de travail par toute personne habilitée : L’absence injustifiée au domicile ou refus du contrôle entraine la suspension de sa rémunération jusqu’à la fin de son arrêt.

Article 41-1 et 41-2 du decret86-442 du 14 mars 1986 modifié : Reprise et reconversion

• Pour tout arrêt dépassant 30 jours continus : le médecin agréé en lien avec le médecin traitant peut solliciter le médecin du travail pour préparer et étudier les conditions et les modalités de la reprise du travail ou envisager des démarches de formation. L’agent est assisté durant cette période par la personne de son choix ;

• Pour les personnes bénéficiant d’un CLM CLD, elles peuvent demander à réaliser une action de formation ou un bilan de compétences dans le cadre de leur reconversion sous réserve d’avoir eu un avis favorable du médecin agréé. L’autorité compétente doit se prononcer dans un délai de 30 jours à réception de la demande.

Article 44-1 du décret 86-442 du 14 mars 1986 modifié : Contrôles des CLM/CLD

• Les visites de contrôles peuvent être effectuées à distance pour CLM/CLD.

Article 47-2 du décret 86-442 du 14 mars 1986 modifié : CITIS (accident de service / maladie professionnelle)

• Obligation de fournir un arrêt établi selon les modalités prévues à l’article R. 321-2 du code de la sécurité sociale en plus du certificat médical initial indiquant la nature et le siège des lésions lors de la demande d’un CITIS.

Article 47-13-1 et 2 du 86-442 du 14 mars 1986 modifié

• Contrôle administratif des CITIS par toute personne habilitée : L’absence injustifiée au domicile ou refus de l’agent entraine la suspension de sa rémunération jusqu’à la date de la fin de son arrêt. Les contrôles médicaux peuvent être effectués à distance.

Article 47-16-1 du 86-442 du 14 mars 1986 modifié

• Pour les personnes bénéficiant d’un CITIS, elles peuvent demander à réaliser une action de formation ou un bilan de compétences dans le cadre de leur reconversion sous réserve d’avoir eu un avis favorable du médecin agréé. L’autorité compétente doit se prononcer dans un délai de 30 jours à réception de la demande.

Chapitre 5 dispositions diverses

L’article 2.1 du décret du 26 août 2010 est complété par :

« Les majorations et indexations relatives à une affectation outre-mer sont maintenues dans les mêmes propositions que le traitement. »

C’est la seule évolution favorable de ce texte.

Les mêmes formulations sont appliquées à toutes les occurrences dans les textes suivants :

• Décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 FPT
• Décret n°88-386 du 19 avril 1988 FPH
• Décret n° 86-83 du 17 janvier 1986 FPE (contractuels)
• Décret n°88-145 du 15 février 1988 FPT (contractuels)
• Décret n° 91-155 du 6 février 1991 FPH (contractuels
• Décret n° 2025-694 du 23 juillet 2025 (ouvriers de l’état)
• Décret n° 2004-1056 du 5 octobre 2004 (ouvriers de l’état)
• Décret n° 2010-997 du 26 août 2010 (FPE)
• Chapitre Ier : Dispositions relatives aux militaires

Amendements CFDT sur ce projet de décret

Amendements CFDT intégrés sur le TPT (2) :

• Droit à l’accompagnement lors de l’entretien : L’agent pourra désormais être accompagné par la personne de son choix lors de l’entretien relatif à l’octroi du temps partiel thérapeutique.

• Allègement du ton du dispositif de contrôles par le médecin agrée : Suppression d’une formulation jugée trop répressive, notamment celle insistant sur les possibilités de contrôle dès la réception de la demande de temps partiel thérapeutique.

Amendements CFDT rejetés (7) :

• Suppression du délai de 30 jours applicable aux demandes de TPT.
• Encadrement du contenu de l’entretien : Refus d’inscrire explicitement dans le décret que l’entretien doit exclure les sujets d’ordre médical. → Une annexe est toutefois prévue pour préciser que l’entretien doit porter sur l’organisation du travail.
• Contrôle des arrêts de travail : Refus de supprimer le contrôle administratif par toute personne habilitée au profit exclusif du médecin agréé.
• Refus d’introduire un rendez-vous de liaison systématique après 30 jours d’arrêt maladie.
• Refus de remplacer la référence au médecin agréé par tout médecin, notamment pour orienter vers des formations ou bilans de compétences.
• Refus de supprimer l’obligation liée au primo-prescripteur pour les renouvellements d’arrêt maladies.
• Durée des arrêts et statuts (CLM/CLD) : Maintien de l’alignement de la durée des arrêts sur le régime général, la CFDT considérant que cela ne doit pas conditionner les CLM et CLD, qui doivent rester :
• Statutaires ;
• Fondés sur des listes de pathologies spécifiques.

Intervention CFDT sur la motivation de son vote

Monsieur le Président,

Vous nous soumettez aujourd’hui une nouvelle version du projet de décret relatif aux congés pour raisons de santé dans la fonction publique. Force est de constater qu’il s’agit essentiellement du même texte, intégrant les rares amendements adoptés lors de la séance du CCFP du 19 juin.

La CFDT prend acte de la prise en compte de deux amendements que nous avions soutenus : d’une part, le droit pour l’agent d’être accompagné lors de l’entretien préalable à l’octroi d’un temps partiel thérapeutique ; d’autre part, la suppression d’une formulation particulièrement répressive sur les contrôles médicaux dès le dépôt d’une demande de temps partiel thérapeutique.

Mais ces ajustements ne changent rien au fond.

La CFDT demeure fermement opposée à ce projet de décret, que nous considérons comme injuste, incohérent et constitutif d’une véritable régression sociale.

Nous regrettons qu’au nom de la réduction des dépenses publiques le gouvernement persiste à ignorer les difficultés rencontrées par les agents dont l’état de santé est fragilisé. Plutôt que de les soutenir, les congés pour raisons de santé sont soumis à conditionnalité et les contrôles renforcés, comme si la maladie constituait une faute qu’il faudrait justifier en permanence.

Quel message envoie-t-on aux agents ? Qu’ils seraient seuls responsables de l’augmentation des arrêts maladie ? Qu’ils abuseraient du système et que les médecins prescripteurs seraient trop complaisants ?

Rien ne permet de l’affirmer.

Les études montrent au contraire que la progression des arrêts maladie est liée à la dégradation des conditions de travail, à l’intensification du travail, au recul de l’âge de départ à la retraite et aux difficultés croissantes en matière de santé mentale.

Pourtant, ce texte ne traite aucune de ces causes.

Notre colère est d’autant plus forte que ce sont, une nouvelle fois, les agents malades qui paient le prix de choix budgétaires et politiques dont ils ne sont pas responsables.

Ce projet fait glisser l’examen des situations individuelles d’une appréciation médicale vers une approche fondée sur des références statistiques de durée des arrêts. La CFDT refuse que ces indicateurs de durée deviennent de fait des critères d’attribution des congés de longue maladie et de longue durée, au détriment des droits statutaires des agents.

Rien, dans le texte soumis ce jour, ne permet d’écarter juridiquement ce risque.

Dans le même temps, vous durcissez l’accès au temps partiel thérapeutique, alors qu’il constitue l’un des dispositifs de santé le plus efficace, majoritairement utilisé par des femmes pour les maintenir en emploi ou favoriser leur retour au travail.

C’est une contradiction majeure. Là où il faudrait sécuriser et faciliter son accès, le gouvernement choisit de le rendre plus complexe, plus contraint et plus incertain.

Pour la CFDT, ce projet dans son ensemble marque un recul des droits des agents malades et introduit une différence de traitement fondée sur la maladie qui s’apparente à une forme de discrimination liée à l’état de santé.

A l’heure où la France figure parmi les pays les plus mal classés en matière de conditions de travail et où chacun affirme vouloir construire des organisations plus inclusives, nous attendions davantage de prévention, de protection et d’accompagnement. Vous faites le choix inverse.

Pour toutes ces raisons, la CFDT réaffirme son opposition à ce projet de décret.

Vote sur le projet global

L’ensemble des organisations syndicales présentes (à l’exception de Solidaires, absent) ainsi que les représentants des employeurs territoriaux ont voté contre ce projet de décret à l’unanimité.

Résultat du vote :

• 25 voix contre (organisations syndicales) ;
• 3 voix contre (employeurs territoriaux) ;
• 1 voix pour (employeurs de l’État).

À noter l’absence des représentants des employeurs hospitaliers lors de ce CCFP, comme lors de la précédente séance au moment du vote final.

Paris, le 7 juillet 2026

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Pour mémoire : 

Notre article du 05-06-26 : Santé des agents : le gouvernement choisit le contrôle plutôt que la protection

Notre article du 15-06-26 : Courrier intersyndical demandant le retrait de l’ordre du jour du CCFP du 18 juin 2026 du projet de décret relatif aux congés pour raisons de santé dans la Fonction publique

Notre article du 26-06-26 : Conseil Commun de la Fonction Publique : la CFDT lance un appel à la raison

Notre article du 30-06-26 : Arrêts maladie : la CFDT dénonce un projet de décret qui réduit les droits des agents

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